- 「神秘の要塞」技術にバイオジェネシスDLCを必須条件として追加。DLC未所持時は技術がランダム生成されず、再構築プロジェクトの選択対象にもならない。
- デルタ階級のエニグマライトが通常資源ではなくダークマター容量を増やすように変更。
- シグマ階級のエニグマライトが下位階級より少ない貯蔵量増加を提供していた問題を修正。
- 下位階級の戦略資源についてもシグマ階級貯蔵量増加を追加。これによりファノン階級からシグマ階級へのアップグレードで貯蔵量が減少しないようにした。

- ベース版ACoTのステラライト爆撃VFXを、最新パッチ後に追加し忘れたカスタム版AoTのものと交換。
- デルタ、アルファ、ファノン、シグマのクローン培養槽で発動する惑星モディファイアの不具合を修正。
- デルタダークマター導管の維持コストをダークマター400→200、ダークエネルギー200に削減。
- アルファダークエネルギー導管の維持コストを600→500ダークマター＋500ダークエネルギーに削減。
- 全てのAoT建造物アイコンを再設計し、標準版建造物と同様に中央配置に変更。

- Stellaris v4.1 『Lyra』 に対応したMODを更新
- ファノン級およびシグマ級邸宅のテクノロジー重量条件が時代遅れだった問題を修正
- 旧式コードにより本MOD有効時に砲撃VFXが全く表示されない問題を修正
- pdxmesh.shaderを最新の標準追加要素と修正で更新
- デルタ級首都建造物に不足していた合金コストを追加
- 次元ネクサス及び上位階層にダークマター・ダークエネルギー関連ジョブを追加
- デジタル化された惑星に鉱床が生成されるように修正
- 侵略者と被害者双方における惑星デジタル化メッセージの不具合を修正
- 産業特化時に自動鍛冶場が建造不可だった問題を修正

- アルファおよびそれ以上のティアのウォーバージ船体セクション技術が表示されない問題を修正しました。
- アルファおよびそれ以上のティアのゲートキーパー船体セクション技術が表示されない問題を修正しました。
- アルファおよびそれ以上のティアのエニグマティック・フォートレス船体セクション技術が表示されない問題を修正しました。
- ファノン・デジタイザー砲撃技術が研究対象として表示されない問題を修正しました。

- エニグマリスを最新のACoTコード変更で更新しました。
- エニグマリスを上位ティアへアップグレード可能に変更しました。
- エニグマリスの資源生産量は、同一システム内のサポートパイロン数に影響されるようになりました。サポートパイロンが増えるほど生産量が増加します。
- 自動鍛冶場から触媒ジョブを削除（不具合発生のため。また、デフォルトの建物にも存在しなくなったため）。
- すべての自動化建物に荒野バイオマスコストを追加。
- 必要に応じて、変更されたデフォルトコードで全自動化建物を更新。
- 商人ジョブを削除（存在しなくなったため）。
- 首都建築物に欠落していた首都ティアを修正。

- Expanded all tiers of conduits to provide their job efficiency bonus to every kind of job, including gestalts.

- AoT居住区画全階層の建設時間表示不具合を修正。
- マスターアーカイブ全階層の職種を、標準仕様からACoT/AoT仕様に変更。
- 軌道爆撃艦隊報復の対象建造物にファノン要塞・ステラライト要塞を追加。
- 軌道爆撃艦隊報復の対象建造物にファノンギガ要塞・ステラライトギガ要塞を追加。
- ファノン/ステラライト要塞およびギガ要塞に対する軌道艦隊報復のツールチップローカライズを追加。
- エヴォチェンバーが建造不可と表示される不具合を修正（ワイルダネス帝国を除く。これはACoTベースの動作）。
- 制御の細分化のため、エヴォチェンバーをクローン槽のインラインスクリプトから分離。
- 誤った潜在能力値によりサイアルター建造物がアップグレード不可となる不具合を修正。サイオニック昇華を持つ全プレイヤーが利用可能であるべき機能であるにもかかわらず、ハイブ帝国であることが要求されていた問題を修正。
- ワイルダネス帝国の首都建造物がアップグレード済み首都建造物としてカウントされず、高度な建造物の建設が一切不可能となる不具合を修正。

- DELTA、ALPHA、PHANON、およびSIGMA階級の生息地を、毒の騎士たちの奉献の対象として追加しました。
- 生息地の改修後も、騎士の領地が維持されるようにしました。

- 食品変換に合金を追加し、適用可能な多くの場所に適用しました。
- 謎の研究所のデルタとアルファ階層の作業量が入れ替わっていた問題を修正しました。
- 首都の建物でも作業量が入れ替わっていた問題を修正しました。
- 次元ネクサスがアルファ値ではなくデルタ値を使用していた問題を修正しました。
- ダークエネルギースパイアがアルファ値ではなくデルタ値を使用していた問題を修正しました。
- ダークマターマスコンバーターがアルファ値ではなくデルタ値を使用していた問題を修正しました。
- ギャラクティック・メガプラザがデルタ値ではなくアルファ値を使用していた問題を修正しました。
- DAI-シンギュラリティ-ガブ-コアがデルタ値ではなくアルファ値を使用していた問題を修正しました。
- ギガ要塞に惑星制限がなかった問題を修正しました。
- ファノンとシグマ階級の首都施設に、宇宙嵐のダメージ軽減に関する新しいツールチップを追加しました。
- ファノンとシグマ階級の首都施設を宇宙嵐のダメージ軽減対象に追加しました。
- 新しいツールチップテキスト用の新しいローカライズを追加しました。
- 兵士と執行者を別々のインラインスクリプトに移動しました。
- 執行者と兵士を支援するための新しいインラインスクリプトを追加しました。
- デルタ執行者が偏差を軽減しない（または何も行わない）問題を修正しました。
- すべての兵士ジョブのコードを簡素化しました。

- AoTのすべての階層のハビタットに地区が追加されない問題（永久に地区が0のままになる）を修正しました。
- アルファ階層の惑星シールドを構築するために必要な首都施設の階層が間違っていた問題を修正しました。
- デルタ階層の惑星シールドのバブルFXが、崩壊していない帝国で表示されない問題を修正しました。
- シールドバブルFXの生成に関するコードを大幅に簡素化しました。
- ファノン・スターベースをシグマ階層にアップグレードできない問題を修正しました。
- バイオシップ帝国向けに、合金コストを食料コストに変換するインラインスクリプトを再設計しました。
- ファノン・スターベースのレベルアップグレードコストを再設計し、合金コストを削減し、ルーンパワーコストを追加しました。