Para empesar nagato era un "uzumaki" y tenia una de las lineas de desdendencia del sabio de los 6 caminos la cual, para que se le activara el rinnegan necesita que se los active un uchiha, lo cual madara hizo.
bueno, naruto al ser un uzumaki (por parte de su madre) creo que tambien puede tener el rinnegan.
¿pero cuando se le activo?
es probable que itachi tambien alla sabido esto, y cuando le dijo a naruto que le habia dado parte de sus poderes es probable que el, al ser un uchiha le alla activado intencionalmente el rinnegan a naruto.
tambien es probable cuando cuando nagato revivió a los que asesinó le aya dado sus poderes a naruto ya que hizo alo mas que revivir a los muertos por lo cual madara se vio muy molesto cuando supo que habia muerto.
para entenderlo tienen que leer el manga ;)