今作はSteamクラウドに対応しています。その中にはAchivementDataというファイルも含まれており、これが原因の可能性があるとみてSteamクラウドを無効化しました。

次に　C:\Users\USERNAME\AppData\Local\Daymare_MASTER　内にあるsteam_autocloud.vdf含む.savファイルを全て削除します。これで綺麗になり実績のカウント等も正常になります。

その後１からプレイして「中断」せず１回のプレイで全ての文書を回収して実績解除を確認しました。