Im Spiel übernimmt ihr die Rolle eines Soldaten, der im Auftrag einer der vier Fraktionen Aufträge ausführt, und nimmt an militärischen Auseinandersetzungen teil. Anders als beim Vorgänger beinhaltet Battlefront II eine zusammenhängende Kampagne, bei der die Hintergrundgeschichte eine größere Rolle spielt. Die Kampagne behandelt den Aufstieg des Imperiums und den Galaktischen Bürgerkrieg, ist also zeitlich zwischen den Star-Wars-Filmen Episode 3 und Episode 5 angesiedelt.


„Die Jedi kennen keine Gnade. Wenn sie nicht alle vernichtet werden, führt dies zu einem endlosen Bürgerkrieg.“
-Palpatine zu Anakin Skywalker (Episode III – Die Rache der Sith, Kapitel 28 – Erhebt Euch, Lord Vader!)

Die Kampagne beginnt mit einem Angriff der Republik auf einen Außenposten von gegen die Republik gewandten Separatisten auf Geonosis. Dort werdet ihr mit den grundlegenden Spielmechanikene vertraut gemacht. Nach dem Abschluss der Mission werdet ihr in eine Ruinenstadt auf dem Planeten Mygeeto entsandt, wo ihr eine leistungsstarke Energiequelle der KUS sichert. Darauf folgt eine Raumschlacht Coruscant, in der ihr den Jedi den Weg zum feindlichen Flaggschiff durch die Zerstörung feindlicher Geschütze und Jäger ebnen müsst.


„Ich werde nicht zulassen, dass diese Republik, die eintausend Jahre lang Bestand gehabt hat, einfach zerbricht.“
-Palpatine (Episode II – Angriff der Klonkrieger, Kapitel 4)

Bei einem Einsatz der 501. Klonarmee auf Felucia werdet ihr damit beordert, die Jedi Aayla Secura beim Angriff auf eine Basis der Separatisten zu unterstützen. Auf dem Waldplaneten Kashyyyk werdet ihr damit beauftragt, den Planeten vor einer feindlichen Invasion zu bewahren. Dazu zerstört ihr zunächst die feindliche Flotte im Orbit des Planeten und unterstützt die Einheimischen am Boden bei der Verteidigung des Planeten. Während des Gefechts haben Spione der Republik inzwischen den Aufenthaltsort der Führungsspitze der KUS gefunden. Die 501. Klonarmee wird nach Utapau geschickt, um diese an der Seite von Obi-Wan auszuschalten. Während dieses Einsatzes, der erfolgreich verläuft, findet auf Coruscant ein Umsturz statt, bei dem die Jedi zu Staatsfeinden erklärt werden und die Republik zu einer Diktatur, dem Imperium, umgestaltet wird. Als Teil des neuen imperialen Streitkräfte wird die 501. Legion nach Coruscant entsandt, um den Jedi-Tempel zu besetzen und verbleibenden Widerstand auszuschalten.


„Ich bin der Senat!“[/i]
-Palpatine zu Mace Windu (Episode III – Die Rache der Sith)

Durch die Elimination der Opposition etabliert sich das Imperium als neue Regierung und organisiert das Militär um. Den ersten Einsatz unter dem Banner des Imperiums stellt ein Angriff auf Naboo dar, das sich gegen das Imperium gestellt hat. Dort eliminiert ihr die Königin und deren Leibwächter.

Inzwischen kommt es auf dem Todesstern, zu einem Gefängnisausbruch, bei dem es einer Gruppe von Rebellen gelingt, Konstruktionspläne der Station zu entwenden. Die 501. wird geschickt, um diese auszuschalten, was euch allerdings nur zum Teil gelingt. Der Großteil der Aufständischen fällt zwar im Gefecht, die Pläne können allerdings noch an ein entferntes Rebellenschiff übermittelt werden. Dieses Schiff wird von den Imperialen bis zum Planeten Polis Massa verfolgt. Nach einem dortigen, nur teilweise erfolgreichen Einsatz gelingt es imperialen Aufklärern, das Schiff wieder aufzuspüren und festzusetzen. Die Truppen der 501. Legion nehmen an einem Entermanöver teil, bei dem die Schiffsbesatzung überwältigt und Prinzessin Leia, eine der Anführerinnen der Rebellen, verhaftet wird.


„Wir haben einen neuen Feind!“[/i]
-Imperator Palpatine zu Darth Vader (Episode V – Das Imperium schlägt zurück, Kapitel 25 - The Emperor's Message)

Die Rebellen-Allianz analysiert diese Pläne schließlich und führt einen Angriff auf die Kampfstation im Orbit des Planeten Yavin IV, bei dem die Kampfstation vernichtet wird. Danach flüchten die Rebellen auf Hoth. Daher werdet ihr nach Hoth geschickt, um die Rebellion endgültig auszuschalten, was euch schließlich gelingt.


„Ja Lord Vader, wir haben die Hauptenergiegeneratoren erreicht. Das Energiefeld wird jeden Moment außer Kraft sein und sie können mit der Landung beginnen.“[/i]
-General Maximilian Veers