dzieki za spoiler japierdole

Syn Williama podpala lokacje, by uwolnić duszę ("zabić") swojego ojca i dzieci. Jej pozostałości zostają sprzedane na licytacji, a dusze dzieci zostają uwolnione. Jednak springtrapowi udało się uciec. To jest fabuła części 1-4, później dochodzi jeszcze Sister Location (akcja między 2 i 1 częścią fnaf, William zabija jeszcze 10 dzieci, Mike zostaje za pomocą remnantu zostaje zombie), UCN (piekło), Pizzeria Simulator (Henry zwabia wszystkie animatrony i Sprintrapa do sztucznej pizzerii i podpala ją.), VR Help Wanted (Springtrap zostaje wirusem komputerowym), Securyty Breach (nowa lokacja wybudowana na gruzach sztucznej pizzerii, dochodzi do kolejnych zaginięć, Sprintrap i stopione animatroniki są uwięzione w niej).

William próbuje się schronić w stroju sprężynowym Golden Bonniego (zachowanym jeszcze z pierwszej lokacji), strój ulega awarii zgniatając znajdującego się wewnątrz Williama. Jego dusza nawiedza Bonniego nazywanego później Springtrapem. Lokacja zostaje zamknięta, na 30 lat. Po tym czasie wykupuje ją phone guy i przerabia ją na dom strachów (3 część gry). Mike wiedząc, że jest tam jego ojciec zatrudnia się w niej, dusze dzieci straszą Mike, ale ze względu że znajdują się już poza animatronikami nie mogą zrobić mu krzywdy.

W nocy animatroniki próbują zabić strażnika nocnego Jeremiego Fitzgeralda protagonistę drugiej części fnafa. Następna w chronologii jest pierwsza część w której sterujemy Mike'em. Mike z powodu poczucia winy zatrudnia się w nowej lokacji powstałej po upadku tej z drugiej części. Dowiaduje się że animatroniki nadal są nawiedzone i powiadamia o tym swojego ojca. Ten próbuje zniszczyć je i udaje mu się to, jednak dusze dzieci pragną zemsty.

W międzyczasie syn Williama Mike Afton przez przypadek zabija swojego młodszego brata w Fredbear's Family Diner wsadzając jego głowę w usta Freadbera, a martwy chłopiec nawiedza Golden Freddiego. (Mike ma później przez to koszmary - 4 część gry). Po tym incydencie animatroniki sprężynowe zostają zakazane, z ich części powstają nowe bezpieczniejsze wersje "Toy" (nadal nawiedzane przez dusze dzieci). Animatroniki przejawiają agresję w stosunku do dorosłych, Toy Chica ugryzła jednego z strażników (The bite of '87).

William Afton oraz Henry założyli restauracje Fredbear's Family Diner oraz Freddy Fazbear's Pizza W 2 lokacji William zabija 5 dzieci, jako pierwsza zginęła córka Henrego. Marionetka odnalazła ciało dziewczynki, a jej dusza za sprawą remnantu (substancji wiążącej dusze) nawiedziła animatronika. Dziewczynka zrozumiała zasadę działania remnantu i przywlekła animatroniki do 4 dzieci zabitych przez Williama (widać to w minigierce Give Gifts Give Life).