Каким-то образом повредилось сохранение. Никто не знает, как это лечить или полностью избежать. Кто-то пытался продолжать играть при лагах, менял состав команды, менял потенциальных агентов или выполнял разные миссии, что-то менялось внутри сохранения, конфликт исчезал, фпс восстанавливался. Но что конкретно нужно делать. точно никто не знает.

Поэтому на всякий случай время от времени лучше бэкапить сохранения, у Steam версии они в папке:
c:\Program Files (x86)\Ubisoft\Ubisoft Game Launcher\savegames\<user-id>\7017\

2.save - 1-ый слот
3.save - 2-ой слот
4.save - 3-ий слот